Církevní úředník jako oběť sporů mocných
Příběh svatého Jana Nepomuckého je od počátku velmi rozdělen mezi legendou a historickými zprávami. Podle dobových pramenů byl Jan z Pomuku syn z dobré rodiny z venkova, kterému se dostalo na danou dobu kvalitní vzdělání, včetně univerzitního. Legendy dodávají, že se vzdělával i v klášteře na Zelené hoře, ale to už se jedná o pozdní, neověřitelnou tradici. Po studiích zřejěm Janova kariéra strmě stoupala, stal se veřejným notářem a působil mezi úředníky arcibiskupa Jana Očka z Vlašimi. V duchu tehdejší – často už v dané době kritizované – praxe měl formální místa i jako oltářník a kněz u pražských kostelů.
Díky arcibiskupské podpoře mohl vycestovat do Itálie, kde studoval církevní právo v Padově. Od roku 1389 pak byl generálním vikářem – čili zástupcem – pražského arcibiskupa Jana z Jenštejna. Ten byl už tehdy ve vleklém sporu s králem Václavem IV., který komplikovala celková mezinárodní situace a neklidná nálada mezi věřícími. Podle legendy – neověřitelné, a navíc trochu nepravděpodobné – měl být Jan z Pomuku osobním zpovědníkem královny Žofie. Král usiloval o omezení moci pražského arcibiskupa tím, že by z části jeho diecéze vyňal nové biskupství prozápadní část Čech, založené místo stávajícího kláštera v Kladrubech. Zdejší umírající opat neměl být podle Václavovy vůle nahrazen a konvent přetvořen v biskupskou kapitulu i se svými majetky.
Jan z Pomuku ale v souladu s arcibiskupovou vůlí po smrti opata schválil rychle zvoleného nástupce, čímž plány krále zhatil. O pár dní později se král s arcibiskupem setkal, ale došlo jen k hádce. Protože na samotného arcibiskupa si král nemohl troufnout, obětí jeho pomsty se stali členové Jenštejnova doprovodu, zejména vikář Jan, který byl přímo zodpovědný za zhatění Václavových plánů. Oba vikáři a další dva biskupští úředníci byli zajati a mučeni. Král nechal nakonec všechny propustit, ale Jan zřejmě kruté zacházení nepřežil.
Až později se objevila legenda, podle níž měl Václav požadovat na Janovi prozrazení zpovědních tajemství královny, Jana dokonce sám mučit a nakonec jej nechat svázaného utopit ve Vltavě. Mnohem pravděpodobnější je, že se jen mučitelé snažili zbavit už mrtvého těla tím, že je shodili z mostu do řeky. Janovo tělo se ale brzy našlo a bylo pohřbeno nejprve v kostele dnes už neexistujícího kláštera cyriaků na Starém Městě.
Jan byl obětí boje mocných a nepřímo také vyhrocené situace v české i evropské církvi. Už soudobé prameny jej tak popisují jako mučedníka a ještě za života Václava IV. byl jeho hrob přemístěn do chrámu svatého Víta. Jeho kult měl pravděpodobně poměrně spontánní podobu. V husitských časech doba kultu mučedníků příliš nepřála (krom těch, kteří padli na straně podobojí). Přesto lidová úcta k různým osobám a starším světcům trvala a udržovala se zřejmě i kolem umučeného biskupského úředníka, jemuž byl do legend dodán příběh o žárlivém králi, který nechal kvůli tajemství své manželky zabít kněze, který se držel své přísahy.
Katolická strana si tohoto mučedníka prokazatelně připomínala i v 16. století. Doba po bitvě na Bílé hoře pak přinesla velkou snahu o obnovení katolické víry v Čechách. S tím bylo spojeno prosazování kultu svatých, zejména těch, kteří byli spojeni s protireformační tradicí. Mezi nimi se dobře vyjímal i Jan, nazývaný nově Nepomucký. V legendách zvítězila samozřejmě tradice umučeného zpovědníka. Tu ještě více podpořilo, když byl v rámci kanonizačního procesu mezi ostatky objeven jeho domnělý jazyk, zázračně zachovaný. Jan byl blahořečen roku 1721 a brzy na to, roku 1729, také kanonizován. Stal se pak jedním z nejuctívanějších českých svatých, jejichž kult se brzy rozšířil v celé střední Evropě a jeho sochu – u připomínky jeho krutého osudu – potkáváme často poblíž mostů nebo na jejich zábradlí jako patrona a ochránce těchto staveb. Z Jana se tak stal jeden ze zemských světců, jejichž kult je spojen především s dobou baroka.